ساختمان زندان سیاسی با مساحتی در حدود 5 هزار متر مربع دارای فضاهای گوناگون و متنوعی است که روایتگر تاریخ انقلاب و مبارزان انقلاب اسلامی است. پس از کودتای 28 مرداد 1332 علاوه بر ساخته شدن ساختمان های الحاقی به زندان قصر و همچنین استفاده از زندان شماره 3(در ساختمان مارکوف) که پذیرای بسیاری از مبارزین سیاسی مانند شهید نواب صفوی و یارانش، شهید عراقی، آیت الله طالقانی و چهره های فرهنگی مانند احمد شاملو، مهدی اخوان ثالث، نجف دریا بندری و... بود با افزایش تعداد زندانیان سیاسی و کافی نبودن فضای زندان های شماره 3 و 4 در اوایل دهه 30 تصمیم به ساخت زندانی مخصوص سیاسیون گرفته می شود این زندان که به گفته علی عمویی از ابتکارات رزم آرا بوده است، در گوشه شمال شرقی محوطه زندان قصر ساخته می شود. با ساخته شدن زندان شماره 2 قصر کلیه زندانیان سیاسی تبعیدی به تهران عودت داده شدند و در آن زندان تازه ساز جایگیر شدند.