ساخت این موزه در سال ۱۳۷۹ زده شد، سالی که به دلیل وجود دو عید غدیر در آن، به عنوان سال امام علی(ع) نامگذاری شده بود. البته موزه هنرهای دینی امام علی(ع) سال ۸۲ بود که به طور رسمی کار خود را آغاز کرد. شاید تصور بسیاری از مخاطبان در خصوص موزه دینی، بنایی کاملا سنتی باشد؛ اما بر خلاف این تصور مرسوم ساختمان موزه دینی امام علی(ع) بنایی مدرن و حتی فراتر از آن پست مدرن است. فضایی که طراحی آن در همان لحظات نخستین ورود، شما را جذب می‌کند. در طراحی فضای داخلی این موزه هم از آثار تجسمی هنرمندان با موضوعات دینی استفاده شده است. بر اساس نامی که این موزه متبرک به آن است، تمامی فعالیت‌هایش مربوط به آثار دینی و مذهبی است که شامل تابلوهای نقاشی، نقاشی‌های قهوه‌خانه‌ای، آثاری مربوط به پرده‌خوانی و آثار خوشنویسی در رابطه با مسائل مذهبی است. موزه هنری امام علی(ع) شامل ۴ طبقه است که برای هر کدام از این طبقه‌ها مسئولیت ویژه‌ای تعریف شده است.